Родился 13 (1 ст. ст.) мая 1814 г. в с. Усть-Золиха (бывшая немецкая колония Мессер) Камышинского уезда (ныне Красноармейский район) Саратовской области. Отец был пастором лютеранской церкви. В 1823 г. семья переехала в г. Саратов. На следующий год Эдуард Иванович поступил в саратовскую гимназию. Первые его поэтические опыты появились уже в семилетнем возрасте. После окончания гимназии в 1830 г. он переехал в г. Петербург, где всецело отдался литературной работе. В 1835 г. закончил перевод 1-ой части поэмы Гете Фауст, но цензура запретила печать, и он с огорчения уничтожил рукопись. В эти годы Губер познакомился с А. С. Пушкиным, уговорившим его на создание нового перевода. В 1838 г. Губер закончил перевод Фауста на русский язык и этим вписал свое имя в историю русской литературы как первый переводчик этого произведения. Сотрудничал в журналах Современник, Отечественные записки, Библиотека для чтения. В 1860 г. в г. Петербурге было издано собрание сочинений Э. И. Губера в трех томах. Редактором и автором биографического очерка был А. Г. Тихменев.
